Das Hauptanwendungsgebiet für die Weizenkleie ist die Verstopfung (Obstipation), also die übermäßig lange Verweildauer der unverdaulichen Nahrungsreste im Darm. Verstopfung ist durch eine erschwerte und zu seltene Abgabe von meist kleinen Stuhlmengen gekennzeichnet, die häufig mit dem Gefühl einer anstrengenden und unvollständigen Entleerung verbunden ist. Der Stuhl selbst ist meist trocken und hart.
Die Verdauungsgewohnheiten sind von Mensch zu Mensch äußerst unterschiedlich. Als normal gilt eine Stuhlentleerung pro Tag, die ohne Probleme, d. h. ohne eine starke Bauchpresse, ohne sich aufbauende Blähungen und ohne ungenügendes Entleerungsgefühl abläuft. Wer sich ballaststoffarm ernährt, hat aber womöglich nur an jedem 2. Tag eine Stuhlentleerung, während bei Vegetariern zwei bis drei Stuhlgänge pro Tag durchaus nicht ungewöhnlich sind. Die Schulmedizin hat deshalb als Rahmen für eine normale Darmentleerung die Formel „3 x täglich bis 3 x wöchentlich“ aufgestellt. Vier und mehr Darmentleerungen pro Tag gelten als Durchfall und weniger als drei Stuhlgänge pro Woche als Verstopfung.
Als Orientierungshilfe ist diese Formel sinnvoll und angemessen, doch sollte der Arzt oder Heilpraktiker auch das subjektive Gefühl seiner Patienten mitberücksichtigen: Es gibt durchaus Menschen, die jeden Tag Stuhlgang haben, aber sich dennoch immer etwas verstopft fühlen, weil die Passagezeit der Nahrung im Darm bei ihnen zu lang ist.
Ob die unverdaulichen Nahrungsreste einer Mahlzeit nach bereits einem Tag oder erst nach drei bis vier Tagen den Darm verlassen, macht für das Wohlgefühl eines Menschen einen ganz erheblichen Unterschied aus. Ist die Verweildauer zu lang, fühlt man sich träge und beschwert, ganz abgesehen davon, dass sich durch Gärungs- und Fäulnisprozesse im Darm Gifte bilden können, die nicht nur die Darmschleimhaut, sondern auch Leber und Stoffwechsel belasten. Viele Menschen mit z. B. unreiner Haut haben in Wirklichkeit gar kein Hautproblem, sondern aufgrund einer chronischen Verstopfung zu viele toxische Stoffe im Darm.